明末，郑成功兵败后，徐将军师陈近南复国心切，欲一挫满清锐气，率数心腹伏刺满州第一勇士鳌拜，终事败逃走。其后始知原来近南之结拜兄弟早被鳌拜收买；从中阻挠，近南一怒之下将他杀死，替其亡将报仇。另一方面，近南之将手下更中原清廷势力稳固，劝近南暂退台湾，容后再共谋反清策略，但近南坚决留守中原，与一赤胆忠肝之士成立以反清复明为本的天地会，其属下李力世，懈际中等亦誓死跟随。

吴之荣因未能得到半分功名，深心不忿，夜半在京城街头张贴告示，诬告浙江巡府贪赃枉法，纵容百姓著书谋反。衩鳌拜发觉，令吴之荣乇底将一千人等押京发落，使之荣受宠若惊。茅十八闻讯后，欲纵速向天地会通风报讯，韦小宝不肯跟随，二人争论之时，惊动了老太监海老公公。海老公公知事有蹊跷，立将二人制服掳走。茅、宝醒后，发现竟身处禁宫中，二人顿感束手无策，海老公公逼二人说出陈近南行踪，茅十八誓死不从，幸而韦小宝人急智生，乘海老公公旧病复发之时，假扮小太监小桂子将大量药粉注入酒中，海老公公服后顿即失明，韦小宝更乘机杀小桂子灭口。

忠臣索尼等上进启奏，力指鳌拜假公济私，藉明书辑略一案抄斩其叛徒，以达成专横霸政的目的。怎料鳌拜突然怒闯禁宫向康熙解释一切，态度表现得甚为气焰，顿感使康熙面目无光。索尼目睹一切，力劝康熙逼鳌拜交出政权，及早亲政，康熙一时进退两难。海老公公知韦小宝自小嗜赌成性，命他以旁门左道骗取温氏兄弟金钱，直至债台高筑时，可逼他们开放御书房，然后乘机偷取四十二章经。另一方面，韦小宝向海老公公陈述与小玄子比武一事时，海老公公感到小玄子实非等闲之辈，遂将一套大擒拿功夫传给韦小宝，用以试探小玄子真正身份。

韦小宝颠倒是非温氏史弟做打扫工作，乘机潜入御书房追寻四十二章经下落，怎料刚巧遇上康熙与鳌拜争论国事，始知一向与自己比武的小玄子，原为当今皇帝康熙，不禁悲喜交集。而康熙知真相已露，要求韦小宝以后排除尊卑关系，私下仍为好友。鳌拜为铲除政敌后患，竟假传圣旨将忠臣苏克隆哈全家抄斩，康熙阻止不及，深感鳌拜太过专权，遂决意择吉亲政。怎料康熙亲政首天，朝中大臣均避于上朝，而鳌拜更诈病拒参与亲政大典，康熙一时行动，怒闯鳌府调查真相，又将满腔怒愤浇在韦小宝身上。

康熙见众少年摔角手训练纯熟后，藉词召鳌拜指点各人武功，在危急之际，康熙示意众少年向他围殴，韦小宝乘乱将他制服。康熙惊魂稍定后，急召朝中大臣，宣称鳌拜行刺圣上经过，下旨将他收监，永不释放，并顺带将其余 制服，众臣眼见局面全非，极力向康熙讨好，以便从中得到大权。康熙以韦小宝护驾除奸有功，立将他提升为首领太监，奉侍皇上起居， 着他与两索额图往鳌府办理抄家手续，并嘱他为太后寻出两部四十二章经。

天地会中人行刺鳌拜时，惊动了康亲王府侍卫，喝令他们从速投降。天地会各人乘机协持韦小宝为人质，将他运出康亲王府，康亲王为顾全韦小宝安危，未敢轻举妄动。韦小宝被运入天地会会堂后，众人产靖木堂尹香主沉冤得雪而大事庆祝一番。韦小宝当众表白自己身份，并得茅十八及时出现，替他解释一切，众人疑心全清。

康熙亲父顺治常年因偏宠董鄂妃，太后因妒成恨，恶意中伤董鄂妃，顺治一怒之下欲将太后打入冷宫，被其母阻止。太后遂以化骨绵掌暗杀顺治子康亲王及董鄂妃，顺治大受刺激性，看破红尘，即假意宣布驾崩，另立康熙为皇帝，而自己则远赴五台山剃度为僧，法名行痴。但顺治对鄂妃母子之死，仍然耿耿于怀，暗以海老公公调查真相。

徐天川偶遇沐王府之白寒枫、寒松史北，彼此各持己见，分别拥天地会唐王与沐王府桂王为主， 而动武，徐天川率被打至重伤，天地会各人推韦小宝出头，往找沐王府中人理论。怎料当众人抵达时，发现白寒松竟已死去，沐王府中人誓死向天地会报仇。后得沐王府苏刚从中缓和气份，玄真道人当众分析形势，二派决以后以和为贵，合力反清复明为重。

徐天川偶遇沐王府之白寒枫、寒松史北，彼此各持己见，分别拥天地会唐王与沐王府桂王为主， 而动武，徐天川率被打至重伤，天地会各人推韦小宝出头，往找沐王府中人理论。怎料当众人抵达时，发现白寒松竟已死去，沐王府中人誓死向天地会报仇。后得沐王府苏刚从中缓和气份，玄真道人当众分析形势，二派决以后以和为贵，合力反清复明为重。

太后派瑞栋暗杀韦小宝亦反被韦小宝以宝剑杀死，继而将他毁尸灭迹。后韦小宝列向太后宣称瑞栋已往五台山，假若有何不测，瑞栋定会返宫向康熙陈述一切来由，太后一时亦忌他数分。索额图向刺客严刑逼供，吴立身死口坚持为平西王所主使，康熙始终怀疑事情虚实，遂派韦小宝从中调查，并着他向吴应熊试探，小宝亦因此从中取利。

韦小宝以自身中海老公公之毒，一时伤戌，向天地会中泣不成都必须，近南南念在师徒之情，替小宝以内力迫出毒性，使小宝得以康复，近南并嘱小宝要勤加练功，以便早日散清毒气。贾老六与吴应熊发生冲突，被熊手下毒打，近南等为出冤屈之气，乘应熊嫖娼之际，欲将他暗杀，一挫吴三桂锐气，免伤彼此感情，毅然让出应熊给沐王府发落，吴立身等亦封近南甚为钦佩。

太后恐小宝有反害之心，命他专责于慈宁宫侍奉自己，并派一老宫女柳燕密监视其行动。韦小宝灵机一动，以四十二章经威协太后换取逃脱机会，太后遂派柳燕紧随小宝往取经书，怎料二人争持不下之际，小宝竟将柳燕杀死，带同方怡、剑屏连夜逃离禁宫。小宝惊魂稍定后，转回住所取出一切贵重财物与经书，竟一时童心未泯，欲以柳燕断腿恐吓太后，后竟发现太后与一男扮女装之宫女言行有异，小宝乘机偷去另外四部经书。

康熙感到事有蹊跷，将众侍卫调离慈宁宫，连夜暗地调查一切，发现太后将一男宫女抛下枯井内毁尸灭迹，并听到她迫众太监严守秘密。小宝恐太后迟早会对康熙不利，乘机向他陈述一切利害关系，并将自己身世秘密一一道出。康熙大为所动，暗传太医协助调查真相，发觉当年孝康皇后实被太后以化骨绵掌所杀，康熙经小宝激劝下，化悲愤为力量，命多隆率兵封锁慈宁宫。康熙怀疑太后一直受人制肘，暗派小宝独自远赴五台山向顺治调查真况，小宝无奈答应。

宝娥二人话甚投契，宫娥得知小宝为天地会青木堂主后，对他大为放心。毅然说出原来当年满州入侵中原时，抢掠大批金银珠宝，分放在一秘密地方。顺治欲将此地形势，会成一大地图，分放于八部四十二章经里，小宝顿恍然大悟，原来各派一直争相找寻宝藏所在，以便储足经费进行组织义军。方怡抵石家庄后，渐觉对小宝芳心暗计，而对刘一舟则大为冷淡。

小宝抵五台山清凉寺后，扮成一富家子弟，定要少林寺方丈澄心大师率寺内全体僧侣并列，以便进行布施，但小宝却未能找到顺治下落，小宝唯失望而退。适逢西藏喇嘛教巴颜怒图清凉寺，大肆搜查顺治踪影，双儿人中将他制服。小宝趁机苦求玉林大师说出顺治下落，玉林大师坚决不允，小宝将计就计，欲先设计偷走顺治。

巴额以火攻，副玉林大师交出顺治，众人无法可施，幸得少林四大金刚及时抢救，顺治得以脱险。顺治未能尽望法俗事，心感不安，遂着小宝带走一四十二章经作为证物，并嘱康熙以后爱民为重，还诚以永不加脱为原则。神龙教委托它对小宝所持经书眼见心谋。但因小宝一直受四大金刚多加保护，无机下手。

洪教主夫人苏荃向以美色迷惑教主，乘机操揽大权，重用众五楷少年，并极力排斥教中老臣，使众元老为之不服，因而纷起反抗苏荃。另一方面小宝则对苏荃互相爱护力计好表面上千依百顺，甚得教主夫妻垂青，决重用他为新任白龙使。苏荃利用小宝的重任，暗迫他服下毒药《豹胎易经丸》，然后令他返京追寻八部经书下落。

建宁被太后使至御书房偷取经书，刚巧遇上小宝，一时好胜心起，对小宝拳打脚踢，小宝不理一切，以蛮力将她制服，建宁顿感无限的痛快，苦续小宝与他比武。小宝暗中与建宁玩耍，被太后撞破，太后乘机使开建宁。二人夺门之际，小宝无意跌出五龙令，太后顿知小宝底细，对他异常依顺，并将宝丸雪参玉蟾丸献上。

小宝充当少林高僧后，终日无所事事，与双儿嬉戏，被阿珂、阿琪撞上，以为小宝存心调戏良家妇女，三人几番争执后，小宝竟出手侮辱阿珂，被晦聪责备，将他送入寺内疗伤，而小宝则被除数阿珂之美态所深深吸引，多次欲向期解释，但又恐二人会因此乘机向他报仇，遂向澄清谋求对付招数。

吴三桂勾结蒙古及西藏众喇嘛围攻五台山，意图劫走顺治作为人质，以威协康熙交出帝位。小宝获悉后千辛万苦游说玉林、顺治及早离去顺治自己罪孽深重，为平天下纷争，欲与玉林自焚了断。小宝恐有失康熙所望，在众喇嘛僧重重围困下，以偷龙转凤之法将顺治、玉林等偷运下山，顺治感到小宝能不伤情命却能脱险，对他称赞不已。

九难为报家仇国恨，毅然向康熙行刺，不敌，意将小宝协持作为人质带走，康熙等人以为小宝会因此凶多吉少。原来当年李自成攻破京城后长平公主为避受满州长凌后辱，从此剃度为尼，法名九难，一直为存报仇之念而勤加练武，默然等候机会向康熙行刺。直至此次行刺不遂后，九难感怀过去带同小宝偷潜入宫，小宝对她的身份起疑心，乘机向她引见陶宫娥，始知原来陶宫娥是长平当年的近身宫婢，主仆二人抱头痛哭声尽诉别离之情。

小宝、九难夜闯兹宁宫时，发现原来太后乃一直为明朝一败将之女毛东珠所假扮，多年来将真太后办禁于宫内一密室内，爱她说出经书秘密，九难惊诧之余，立将东珠武功全废，命陶宫娥密切监视其行。小宝在一偶然机会下，发觉阿珂竟为九难之徒弟，小宝更感意乱情迷，尽力设法亲近阿珂，对九难阿谀奉承。九难亦颇欣赏小宝之才干，决意利用他协助反清行动，而阿珂对小宝仍怀恨在心，处处对他为难，但九难事事袒护小宝，使阿珂心感不服。

西藏喇嘛桑结力逼九难交出经书，九难乘乱将地图碎片交于小宝，后终得小宝施计以蒙汉药及化尸粉吓退众喇嘛，九难极为欣赏小宝临危不乱的胆色，遂允收为门下。克塽、阿珂则感到小宝为作所为乃市井无赖之行经，对他更起反感。小宝眼见珂、塽二人朝夕相对，感情进展神速，遂设法向沐王府从中挑唆。吴立身果然中计，将克塽痛打一顿并在阿珂面前，故意中伤克塽在外拈花惹草，使阿珂大为震怒。后吴立身更大将计就计，强迫小宝与阿珂拜堂成亲。

小宝向康熙道出真假太后一事，二人立闯慈宁宫调查真相，高头陀知形势不利，乘乱将东珠抱走，康熙后与真太后重聚天伦，喜极而泣。康熙为嘉奖小宝之英勇行为，特升他为一等子爵。康熙迫康亲王交出经书，小宝假装对康亲王极为开心以一假经书交给康亲王，信以为真，令他大为感动。